Eine neue Phase begann 1815, als der Amtmann und Richter Paulus Modestus Schücking und seine Frau, die bekannte Dichterin Catharina Busch, den Marstall als Dienstwohnung übernahmen. Ihr ältester Sohn Levin Schücking, der spätere namhafte Schriftsteller und zweifache Ehrendoktor, wuchs hier bis zu seinem 15. Lebensjahr auf. Nach dem Wegzug der Familie Schücking diente das Gebäude ab 1834 für etwa fünfzig Jahre als Heimat für eine private katholische Knabenschule.

Im 20. Jahrhundert spiegelten sich die politischen Umbrüche im Marstall wider: Bis 1935 beherbergte das Haus den freiwilligen Arbeitsdienst, von 1935 bis 1940 den Reichsarbeitsdienst und ab 1940 diente es als Unterkunft für polnische Kriegsgefangene. Nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs wurden die Schlossalleen mit Zelten für kranke polnische und russische Kriegsgefangene sowie überlebende KZ-Häftlinge gefüllt, während das Pflegepersonal im Marstall und in der Hedwigschule untergebracht war.

Der Grundstein für die heutige Nutzung wurde 1946 gelegt, als der Herzog von Arenberg dem Pfarrer Wolter und dem Bischof von Osnabrück die Genehmigung erteilte, den Marstall als Bildungsstätte zu nutzen. Während im linken Flügel Wohnungen für Forstpersonal eingerichtet wurden, weihte der Bischof nach einem von der Gemeinde Sögel geförderten Umbau am 15. August 1948 das neue Bildungshaus und die Kapelle ein. Trotz einfacher Anfangsbedingungen – die ersten Gäste schliefen auf Strohsäcken und das Haus wirtschaftete autark mit eigener Hühner- und Schweinehaltung sowie Gemüseanbau – entwickelte sich der Marstall schnell zu einer weltoffenen Bildungs- und Freizeitstätte für internationale Gruppen. Unterstützt durch erhebliche öffentliche und private Investitionen stieg die Zahl der Gäste bis 1963 auf durchschnittlich 2.000 pro Jahr.

Ein wichtiger Meilenstein folgte 1968, als das Bistum den Marstall von den arenbergischen Besitzern abkaufte. Im darauffolgenden Jahr wurden die alten Wagenremisen abgerissen, um Platz für einen neuen Flügel mit 19 Schlafräumen, Bibliothek, Medien- und Gruppenräumen sowie einem großen Saal zu machen; im Keller entstanden ein Werkraum und ein Kaminzimmer. Bischof Wittler weihte den neuen Trakt sowie die umgestaltete Kapelle im November 1971 ein. Zum Jahr 1979 hin wurde der Marstall rollstuhlgerecht ausgebaut und die Fassaden denkmalgerecht restauriert. Zu dieser Zeit verzeichnete das Haus bereits jährlich über 20.000 Teilnehmertage und mehr als 10.000 Gäste, während das Programm von den „Hümmlinger Kunstwochen“ über internationale Begegnungen bis hin zu Bildungsurlauben und Seminaren reichte.

Die Professionalisierung schritt weiter voran, als die Jugendbildungsstätte 1984 die Trägerschaft des Projektes „Arbeit und Lernen“ übernahm und 1986 um eine Tischlerwerkstatt erweiterte. Für seine hervorragende behindertengerechte Ausstattung wurde das Haus 1990 vom niedersächsischen Sozialminister im Landeswettbewerb „Wohnen und Leben im Alter“ ausgezeichnet. In den Folgejahren beherbergte der Marstall von 1994 bis 1999 das Büro der Kreissportschule des Emslandes und bis 1996 das Deutsch-Niederländische Jugendbüro. Zudem wurden 1995 zahlreiche Ein- und Umbaumaßnahmen abgeschlossen.

Das neue Jahrtausend brachte weitere Kooperationen und strukturelle Erweiterungen: 2013 wurde die Jugendbildungsstätte zur Wunschzentrale des diakonischen Projektes „Wünsch mir was“. Nach einer denkmalpflegerischen Sanierung der Fenster im Jahr 2014 wurde das Haus 2015 zur ersten offiziellen Pilgerherberge auf dem Hümmlinger Pilgerweg ernannt. 2016 folgte die Gründung des Fördervereins „Freunde und Förderer Marstall Clemenswerth e.V.“. Ein strategischer Wendepunkt deutete sich 2017 mit den Planungen zur Konzeptionierung und Sorge für das Exerzitienhaus in Ahmsen an. Im Jahr 2018 feierte die Jugendbildungsstätte schließlich ihr 70-jähriges Bestehen und der Trägerverein wurde offiziell in „Marstall Clemenswerth & Jugendkloster Ahmsen e.V.“ umbenannt.

Die jüngste Phase ist durch die Zusammenführung und Modernisierung beider Standorte geprägt. 2019 eröffnete das Bildungs- und Begegnungshaus Jugendkloster Ahmsen unter der gemeinsamen Leitung von Christian Thien. Anfang 2020, genau vier Wochen vor Beginn der Corona-Pandemie, öffnete das dortige Klosterlädchen. Die Pandemiejahre 2020 bis 2022 brachten durch das Verbot von Schulfahrten erhebliche Phasen des Leerstands mit sich, die der Verein jedoch mithilfe von Rücklagen und staatlichen Förderprogrammen überstehen konnte. Parallel dazu wurden umfangreiche Baumaßnahmen zur Ertüchtigung des Brandschutzes und zur Erhöhung der Barrierefreiheit umgesetzt – von 2020 bis 2022 im Jugendkloster Ahmsen und von 2021 bis 2022 im Marstall Clemenswerth. Im Jahr 2022 übernahm Pater Vijay Amirtharaj OFM das Amt des Geistlichen Rektors für beide Jugendbildungsstätten, während Michael Engbers die Geschäftsführung des Vereins und die Leitung beider Häuser übernahm.

In den Jahren 2024 bis 2026 wurde der Marstall Clemenswerth gezielt modernisiert. Den Auftakt bildete 2024 die Sanierung der historischen Fassade sowie die erweiterte Kooperation mit dem Kreissportbund Emsland, dessen Sportschule seither vom Marstall verpflegt wird. 2025 folgte die Umstellung auf ein modernes Schließsystem mit Zimmerkarten für mehr Komfort und zeitgemäße Hotelstandards. Abschließend wurden 2026 mit Unterstützung der Sparkassenstiftung Emsland die Freizeit- und Sportangebote im Garten sowie im Spielekeller ausgebaut. Damit verbindet das Haus erfolgreich seine historische Substanz mit modernem Service.